雅马哈YZF-R3和R25都是基于“每天都想骑运动摩托车”的概念开发设计的。R3在同级别车型中功率输出较高，将发动机排气量从250cc升级为320cc。

　　R3不仅是较大功率的提升，而且具有中低速操控方便、中高速速度感优异、省油等特点。由于排气量的增加，它带来了更多的动力和强大的扭矩。在正常街道上骑行也有很好的操控性能。

　　雅马哈R3与R25外观的主要区别在于：1、轮胎 2、脚踏护板 3、仪表板高速通知区域(红线区域)。

　　在车身重量方面，配备ABS的雅马哈R3重量为169kg，ABS版R25重量为168kg，只有1kg R3在规格上与R25几乎没有太大区别。具体区别来自轮胎。R25采用速度等级为S的轮胎，R3采用米其林H级轮胎(轮胎速度等级:S级较高速度为180km/h，H级较高速度为210km/h/h)。此外，雅马哈R25和R3的车身设计属于同一产品平台，另一个细微的区别是脚踏护板盖。R25追求轻量化，在脚踏护板上开孔以减肥。R3在传统设计中没有空洞。这些都是雅马哈R25和R3的区别。

　　此外，R3的较高功率为31kW/10750转，R25为27kW/12000转，因此仪表板上的红线区域也不同。雅马哈R3与R25的“隐性”差异包括：ECU设置、节气门怠速空气阀/怠速控制器设置、空气滤清器接管长度、散热风扇性能、排气管等。

　　雅马哈R3较大的魅力之一是它在同一级别的车型中有较大的功率比。250cc级轻型车(169kg)与320cc高性能发动机R3相匹配，功率比为5.45。

　　功率重量比是指每1kg的功率。值越小，加速度越好。R3的功率比例优于传统的400cc全覆式运动摩托车。